Panel Pneumonia met. PCR, infekcje dolnych dróg oddechowych) - 34 patogeny (bakterie, wirusy)

Do ostrych infekcji dolnych dróg oddechowych należy zapalenie płuc (infekcja pęcherzyków płucnych), a także infekcje w obrębie dróg oddechowych: ostre zapalenie oskrzeli i oskrzelików, grypa i krztusiec. Zapalenie płuc stanowi istotny powód zgonów wśród dorosłych i dzieci. Czynnikiem etiologicznym zapalenia płuc najczęściej są bakterie, bakterie atypowe – chlamydie i mikoplazmy oraz wirusy. Rzadziej zapalenie płuc ma charakter grzybiczy lub pierwotniakowy.  Niekiedy dochodzi do bakteryjnego nadkażenia zmian w płucach powodowanych przez infekcję wirusową, np. wirusem grypy (duży odsetek śmiertelnych przypadków hiszpanki w latach 1918-1920).). Najczęstszą przyczyną bakteryjnego zapalenia płuc u osób dorosłych i zapalenia płuc w ogóle, jest Streptococcus pneumoniae. U małych dzieci wirusowe zapalenie płuc powodowanej jest najczęściej przez syncytialny wirus oddechowy (RSV). W każdym wieku przyczyną zapalenia mogą być wirusy grypy typu A i B.  Ciężkie infekcje płucne powodują wirusy z  podrodziny Coronavirinae.
Wyróżnia się pozaszpitalne zapalenie płuc powodowane przez patogeny krążące  w środowisku społecznym oraz zapalenia płuc wykazujące związek z instytucjami medycznymi,  powodowane przez wyselekcjonowane patogeny obecne w placówkach lecznictwa zamkniętego. Szczególnym przypadkiem jest respiratorowe zapalenie płuc dotykające chorych poddanych intubacji dotchawiczej.  Bakterie odpowiedzialne za szpitalne zapalenie płuc charakteryzują się opornością na mniejszą lub większą liczbę antybiotyków.  Około 90% przypadków ostrego zapalenia oskrzeli związanych jest z wirusami grypy i rinowirusami. Bakterie są czynnikiem etiologicznym pozostałych 10% przypadków. U niemowląt i małych dzieci zapalenie oskrzelików najczęściej wywoływane jest przez syncytialny wirus oddechowy (RSV). Ciężko leczące się i śmiertelne przypadki zapalenie płuc prowadzące do niewydolności oddechowej i śmierci powodowane są przez koronawirusy MERS i SARS. Dla prawidłowej strategii leczenia zapalenia płuc i chorób dolnych dróg oddechowych konieczne jest ustalenie   etiologii zakażenia, co bywa trudne ze względu na dużą liczbą potencjalnych czynników zakaźnych, podobieństwo objawów  zakażeń wirusowych oraz brak możliwości identyfikacji wirusów i niektórych bakterii  za pomocą klasycznych metod mikrobiologicznych.
Materiałem do badania jest plwocina indukowana lub wykrztuszona spontanicznie oraz aspirat tchawiczy lub próbki popłuczyn oskrzelowo-pęcherzykowych,  BAL (ang. bronchoalveolar lavage) lub mini-BAL.
Badanie wykonywane metodą multipleksowego PCR pozwala na jednoczesną identyfikację w materiale pobranym od chorego materiału genetycznego potencjalnych czynników etiologicznych zapalenia płuc i ostrych infekcji dolnych dróg oddechowych: bakterii i wirusów oraz na  identyfikację genów oporności na antybiotyki. 
Test pozwala na identyfikację:
BAKTERII (półilościowo):
kompleksu Acinetobacter calcoaceticus-baumannii;  kompleksu Enterobacter cloacae; Escherichia coli; Haemophilus influenzae; Klebsiella aerogenes; Klebsiella oxytoca; Grupy Klebsiella pneumoniae; Moraxella catarrhalis; Proteus spp.; Pseudomonas aeruginosa; Serratia marcescens; Staphylococcus aureus; Streptococcus agalactiae S. pneumoniae S. pyogenes.
BAKTERII ATYPOWYCH (jakościowo):
Chlamydia pneumoniae; Legionella pneumophila; Mycoplasma pneumoniae.
WIRUSÓW:
adenowirusa;  koronawirusa; ludzkiego metapneumowirusa;  ludzkiego rinowirusa/enterowirusa;  wirusa grypy typu A, wirusa grypy typu B; koronawirusa bliskowschodniego zespołu niewydolności oddechowej (MERS-CoV); wirusa paragrypy;  syncytialny wirusa oddechowego.
GENÓW OPORNOŚCI NA ANTYBIOTYKI:
Karbapenemazę -  IMP, KPC, NDM, OXA-48-like, VIM; ESBL (ang. extended-spectrum beta-lactamases) – β-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania; CTX-M; Oporności na metycylinę mecA/C i  MREJ (MRSA).