4 stycznia 2021

Nowy wariant wirusa SARS-CoV-2

POWRÓT

Opisany w Wielkiej Brytanii nowy wariant wirusa SARS-CoV-2 nazywany jest obecnie „SARS-CoV-2 VOC 202012/01”, gdzie VOC oznacza „variant of concern” –  co można przetłumaczyć jako „wariant budzący niepokój”. Z czego wynika ta nazwa i czy faktycznie powinniśmy się martwić?

Wirusy mutują i jest to zjawisko naturalne, co więcej – korzystne. Ewolucja promuje patogeny, które są zdolne przekazać swój materiał genetyczny dalej – do czego niezbędne jest przeżycie gospodarza. Mówiąc kolokwialnie – wirusowi nie opłaca się nas zabijać. Selekcja naturalna promuje więc te mutacje, które zwiększają zakaźność wirusa, ale nie prowadzą do znacznych skutków zdrowotnych, bo zbyt chory nosiciel nie przekazuje patogenu dalej.

W przypadku nowego wariantu SARS-CoV-2, znanego również jako linia B.1.1.7, doszło jednak do nagromadzenia wielu mutacji w szybszym niż zwykle czasie. Nowy wariant charakteryzuje 17 zmian niesynonimicznych – 14 mutacji prowadzących do zmiany aminokwasu oraz 3 delecje. Co istotne, wiele spośród nich dotyczy genu kolca (ang. spike, S), kluczowego dla zdolności wirusa do infekowania. Szczególne znaczenie może być przypisane trzem:

  • Mutacji N501Y (w obrębie domeny wiążącej receptor ACE2 atakowanej komórki), która prowadzi do mocniejszego wiązania się wirusa do tego receptora.
  • Podwójnej delecji 69-70, prowadzącej do możliwości uniknięcia przez wirusa konsekwencji reakcji immunologicznej organizmu.
  • Mutacji P681H, która może ułatwiać wniknięcie wirusa do komórek gospodarza.

Zaznaczyć trzeba, że powyższe mutacje byłby już wcześniej obserwowane, choć nie jednocześnie. Ich skumulowane występowanie, jak również znaczne rozprzestrzenienie się nowego wariantu SARS-CoV-2 w Wielkiej Brytanii, budzi wiele pytań: o ciężkość infekcji, możliwość wykrycia VOC 202012/01 w rutynowo stosowanych testach diagnostycznych, czy w końcu o skuteczność wprowadzanej właśnie szczepionki.

Chociaż zgromadzone do tej pory dane wskazują, że nowy wariant szerzy się szybciej, to nie ma dowodów, by powodowana przez niego infekcja miała ostrzejszy przebieg. Na szczęście nie wydaje się też, by szczepionka nie była skuteczna względem VOC 202012/01. Jest to między innymi związane z tym, że przeciwciała stymulowane szczepieniem są poliklonalne, to znaczy skierowane przeciwko wielu różnym fragmentom białka kolca (S) wirusa.

Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób w swoim raporcie z 20.12.2020 wskazuje, że laboratoria powinny zrewidować testy molekularne stosowane w diagnostyce zakażenia SARS-CoV-2, szczególnie te, które wykrywają gen S wirusa. Badania real time RT-PCR w Diagnostyce przeprowadzane są z użyciem testów co najmniej 2-genowych, co oznacza, że jeśli któryś z nich zawiera gen S, to obok niego badany jest co najmniej jeden inny gen SARS-CoV-2, a tylko nieobecność dwóch genów raportowana jest jako wynik negatywny. Pomimo tego, poszczególni producenci weryfikują lub już zweryfikowali swoje zestawy diagnostyczne pod kątem zdolności wykrycia nowego wariantu. Dotychczasowe raporty wskazują, że stosowane w Diagnostyce testy wykrywają SARS-CoV-2 VOC 202012/01. Oznacza to, że osoba z podejrzeniem zakażenia nowym wariantem może być zweryfikowana badaniem real time RT-PCR w naszym laboratorium. Wynik pozytywny oznacza infekcję SARS-CoV-2, ale nie wskazuje konkretnego wariantu wirusa. Wykazanie obecności wariantu  VOC 202012/01 wymagałoby sekwencjonowania materiału genetycznego wykrytego wirusa, które nie jest na razie rutynowo wykonywane w medycznych laboratoriach diagnostycznych.

Dr Emilia Martin

Laboratoria Medyczne DIAGNOSTYKA